環保署長李應元(左)、交通部長吳宏謀(中)、農委會主委林聰賢(右)，在九合一選舉結束後口頭請辭，賴於今日會議中「予以准辭」。

行政院長賴清德1日下午召開內閣檢討會議，交通部長吳宏謀、環保署長李應元、農委會主委林聰賢在九合一選舉結束後口頭請辭，賴於今日會議中「予以准辭」。三人准辭後，暫由副首長或政務副次長代理職位。

行政院發言人Kolas Yotaka（谷辣斯·尤達卡）表示，賴院長感謝這三位首長自上任以來推動政務的努力，也肯定三位首長願意負起政治責任。而這三個部會也將於下周二上午舉行交接儀式，皆由該機關政務副首長代理，環保署由蔡鴻德副署長代理署長、農委會由陳吉仲副主委代理主委、交通部王國材次長代理部長。

本次九合一選舉合併10項公投案，其中國民黨候選人盧秀燕提出的「反空污公投」不只過關，民進黨現任台中市長林佳龍也連任失利，空汙引發民怨，更失去台中執政權，都讓李應元成為內閣改組被點名下台敗選戰犯。

宜蘭、彰化與雲林等農業縣市變天，先是被民進黨視為敗選「頭號戰犯」的吳音寧先遭開鍘，主管機關農委會也因為無法控制農產品價格暴跌，難免不了要被檢討，主委林聰賢請辭算是執政黨進一步止血措施。傳出嘉義縣長張花冠卸任後，將接任農委會主委，但她本人則是加以否認。

吳宏謀為總統府副秘書長陳菊人馬，曾任高雄副市長，2014年7月31日高雄氣爆後請辭副市長，轉任高雄港務公司董事長，2018年7月轉任交通部長，但是10月21日發生台鐵普悠瑪翻覆，釀成18死、210傷，吳宏謀認為監督台鐵不力曾向賴揆請辭，但遭到慰留。這次民進黨敗選中，吳宏謀也被視為敗選戰犯之一。