萬安39號演習期間，高鐵各車次列車均正常行駛，車站售票及旅客進出閘門也維持正常作業，不過新竹以北4個高鐵站的聯外接駁公車、快捷公車，以及排班計程車等，將於演習時段配合交通管制暫停行駛，欲前往搭車需提早出門到站，站內旅客須配合憲、警及站務人員引導在站內稍候。

捷運系統在演習期間也維持正常運行，不過到站旅客將由站務人員引導至大廳層或月臺層模擬避難，暫時無法離開站體。捷運高架、平面段的販賣店及臺北小巨蛋均將關閉門窗及熄滅燈火，捷運地下街及地下車站販賣店則維持正常營運；此外，捷運轉乘停車場及附屬停車場維持只進不出，屆時請配合服務人員引導至室內避難。

提醒民眾，若違反演習規定，依民防法第25條可處3萬元以上，15萬元以下罰鍰。